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普瑞基准:生信分析或成肿瘤免疫疗法催化剂

来源:未知 编辑:小原 时间:2021-09-09
导读: 普瑞基准:生信分析或成肿瘤免疫疗法催化剂 其实创业或者说做企业是一件非常有意思的事情。轻抿一口茶后,梁晗的兴致丝毫不减。此时已近晚上九点,他刚从美国赶回苏州,参加次日举办的学术交流活动,尚未停下脚步享受晚餐。 眼前这位年轻博士,思路严谨又不
 
普瑞基准:生信分析或成肿瘤免疫疗法催化剂

“其实创业或者说做企业是一件非常有意思的事情。”轻抿一口茶后,梁晗的兴致丝毫不减。此时已近晚上九点,他刚从美国赶回苏州,参加次日举办的学术交流活动,尚未停下脚步享受晚餐。
眼前这位年轻博士,思路严谨又不失活跃,现任美国MD安德森癌症中心生物信息与计算生物学系副主任,繁重的科研之余,最大兴趣是阅读科幻小说。缘由很简单,跳出眼前的学术认知局限去感受人类的未来,足以让他兴奋。
直到遇见普瑞基准,梁晗积累多年的生物信息分析经验终于找到释放口。“当下是一个打破传统领域再组合不同领域的时代。”笃信创新时代来临的梁晗,觉得找到了志同道合的伙伴,以联合创始人身份加盟普瑞基准。



作为世界最早提出多重组学临床建模的人之一,梁晗和他的MD安德森癌症中心团队此前的诸多工作,基本围绕如何把癌症患者大数据真正转化成生物标记物和治疗策略,进而预测患者的存活状况以及药物反应程度。
在他看来,精准靶向药物和免疫疗法是应用生物信息分析最适合的两个领域。其中,梁晗对前者秉持一个观点,即靶向药物作用于哪个靶点基因或通路明确,但同一基因不同突变是否改变基因的功能和有不同临床应用则是关注的重点。
过去5年,肿瘤免疫疗法的关注热度持续走高。这段时期,梁晗以主要通讯作者在《Cell》《Cancer Cell》《Nature Biotechnology》《Nature Methods》等影响因子>25的国际权威杂志相继发表癌症组学或精准治疗相关论文近10篇。他同时担任多个大型国际和美国癌症组学项目的领导者。 通过这些研究和工作,他对国内外肿瘤免疫治疗和其生物标识有比较深刻认识和清楚的趋势研判。



谈及国内肿瘤免疫治疗现状,梁晗认为仍存在三个主要误区:一是肿瘤检测停留在静态取样阶段,对肿瘤进化缺乏多次取样和动态描述;二是取样单维描述,没有达到多重组学建模的层级;三是解读规则基础较为简单,没有实现定量性评估。
“要想完成这三个局限的转变,生信分析的能力就显得尤为重要。”梁晗说,从单重组学向多重组学转变时,生信能力可以找出最有效组合,包括定量模型转化都存在很大的探索空间。
他随即例举一个跨地域肿瘤人群的比对研究案例。国内外一些机构在研究东西方人群食道癌突发区别时,最简单的做法是直接对比美国人和中国人的数据。这种研究在梁晗看来“是不及格的”,“不同研究产生的数据怎么可以直接比较?数据处理方法不同,方法本身的差异就可能已经掩盖两个人种之间的误差。”
第二种被梁晗视为基本及格的研究思路是,使用同样统一的数据分析标准,通过同样的方法进行比较。相较之下,能够“打到80分”的研究者们,通常在使用相同数据按照相同方法的基础上,考虑不同实验的测序深度。
“当普瑞基准参与这项工作时,在上述研究逻辑的基础上,进一步纳入包括性别、年龄和肿瘤亚型等影响因素基础上建立倾向性打分的统计方法。”梁晗总结道,生物信息能力可以把临床数据价值发挥到极致,另外加上适应性的贝叶斯临床设计理念,生物统计与生物信息的结合潜力可期。
梁晗进一步分析认为,临床数据价值的真正核心在于循环利用,每一位患者的数据不应局限于自身病情使用,而是能够持续为潜在的患病群体起到很好的提示作用。



正是看到国内肿瘤免疫市场需求日益高涨,而相关研究进展不及预期,同时生信分析潜力并未被充分激发,梁晗遇到肿瘤精准治疗创新型企业普瑞基准时颇感欣喜。
“从大的环境来看,我觉得过去五年到未来五年,其实是生信工作者人生中一个难得的机遇,是一个真正奠定精准医学生信发挥到极致的过程。”梁晗感慨之余,庆幸在人生的黄金年华里,能够运用自己所学的生信专业,参与创办一个极有可能成为标杆的企业。“我觉得这也是对人生一个非常好的纪念。”
按照梁晗的设想,提供肿瘤免疫解决方案的过程,其实也是构建从数据到信息、从信息到产品、从产品到价值的完整链条的过程。不过,在这个过程中,梁晗发现肿瘤免疫疗法从研发到市场仍有不小距离,主要原因在于临床试验方案设计的一些局限。正因为如此,梁晗认为,适应性临床试验设计 (adaptive clinical design)已成趋势。
这也是普瑞基准团队现阶段最核心的工作内容。在他看来,一个好的临床试验设计应具备三个特点,即缩短临床试验时间、节省大量成本、同时保持低的Type-I error和高的power。 
基于这一理念,普瑞基准的探索思路是,以大数据分析和解读为核心竞争力,并着力积累、规范维护中国人群数据。区别于现有市场参与者的策略,梁晗团队致力于融合最先进、优化的临床设计方案和统计学、生信分析,为药企的临床试验提供设计方案。而基于全面、精准的多组学分析,可以进一步支持制药企业的药物开发或临床专家的科学研究。
梁晗分析认为,免疫治疗临床试验需要合适的生物标记物、创新的试验设计和统计学分析。相较于传统的临床试验设计和统计计算,适应性临床试验设计的优势明显。“其实,我们应该好好珍惜中国这么大的数据样本。”梁晗说,普瑞基准在挖掘临床数据价值时,不仅帮助医生发表优质文章,更注重文章如何转化成临床产品。“当然,现阶段国内临床数据转归性和分散性问题也不容忽视。”
责任编辑:小原

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