结直肠癌作为全球第三大高发癌症,其发病率和死亡率持续攀升,给人类健康带来了巨大威胁。据世界卫生组织统计,全球每年新增的结直肠癌患者数已突破190万大关,死亡人数近90万。为实现对结直肠癌更有效的预防和治疗,华大基因智惠医学研究院联合瑞典乌普萨拉大学、华大生命科学研究院,在杂志Nature上合作发表了一项关于结直肠癌的多组学研究,深入探索这一疾病的发病机制,识别了结直肠癌关键预后因子,为肿瘤检测与治疗领域提供了一定的数据支撑。
此次研究对瑞典U-CAN队列中的1063例结直肠癌样本进行了全基因组和转录组测序分析,识别出96个显著突变基因,其中包括24个新发现的潜在的驱动基因。而与WNT、EGFR和TGF-β通路相关的驱动基因与结直肠癌生存密切相关。研究人员还利用突变时序分析,推导出了APC,TP53,KRAS,BRAF,ZFP36L2,TCF7L2,FBXW7,BCL9L和SOX9等9个与癌症发生早期事件相关的驱动突变基因,以及TRPS1,GNAS和CEP170等更倾向于在癌症发生的后期阶段出现的突变基因。这些发现为结直肠癌的早期检测及靶向治疗的开发提供了临床研究方向,揭示了肿瘤后期侵袭和转移相关的重要分子变化。
此次研究突破了传统结直肠癌基因研究的局限,发现线粒体基因组和非编码区域也存在与疾病相关的突变,填补了非编码区在结直肠癌相关研究中的空白,有助于加深对疾病发病机制的理解。通过整合同一肿瘤样本的基因组和转录组数据,研究团队发现抑癌基因APC、PTEN和TP53的突变与癌症风险增加有显著关联。他们基于肿瘤基因表达差异将结直肠癌预后细分为5个预后亚型CRPS,以此提高预后预测的准确性。文章共同通讯作者、华大基因智惠医学研究院的林从博士表示,该研究不仅揭示了多种突变事件对预后的预测价值,而且新构建的表达谱精细分型也将对肿瘤检测及后续的精准诊疗发挥重要作用。
文章共同第一作者、华大基因智惠医学研究院李甫强则强调了先进技术对于大规模研究的重要性。他表示,国产测序仪高质量的数据生产能力和成本优势是实现大规模多组学数据产出的基础。若能打造出一个集规范化、标准化、自动化、信息化、智能化、规模化为一体的多组学技术平台,将有效促进大规模基因组科研合作项目的发展,推动大人群大数据的研究与应用。
本次研究实现了迄今为止最大规模的结直肠癌基因组和转录组的综合分析,且与其他绝大多数癌症基因组学的研究有着显著差异。文章通讯作者、乌普萨拉大学的Tobias Sjöblom教授表示,U-CAN大规模的临床患者队列与华大基因杰出的测序及数据分析能力的结合,是本次研究项目成功的关键因素,期待未来能与华大基因在肿瘤检测等癌症基因组学研究领域继续开展合作。
华大基因联合瑞典乌普萨拉大学等在Nature发布的结直肠癌多组学研究成果,为肿瘤检测和精准诊疗提供了重要的科学依据。未来,华大基因将持续优化升级高通量测序技术,为多组学研究提供更智能化、标准化、信息化的技术平台,助力精准医学发展。
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